세무조사 과정에서 산정된 영업권의 감정가액에 따라 신청법인이 지급한 차액을 영업권 취득가액에 포함하여 그 상각비를 손금산입할 수 있는지 여부

세무조사 과정에서 확인된 영업권의 최종적인 시가에 따라 기존 양도가액과 시가의 차액을 추가로 지급하는 계약을 체결하고 그 지급을 완료한 경우, 그 차액은 ｢법인세법 시행령｣ 제26조제2항제1호 및 같은 영 제72조제2항제1호의 취득가액에 포함됨

○ ○○○○코리아유한회사(이하 ‘신청법인’)은 반도체 제조용 노광장비 시스템 개발･제조･공급 및 관련 서비스업을 영위하는 반도체 장비업체로서 ○○○○ Holding의 완전자회사임

○ 2023.12.31. 사업양수도 거래를 통해 ○○○○ Hong Kong Ltd.의 한국지점인 ○○○○홍콩리미티드영업소(이하 ‘○○○○ KB’)의 영업권(이하 ‘쟁점 영업권’)을 포함한 사업관련 모든 자산부채를 양수하였음 ○○○○ Holding의 완전자회사

○ 이후 2024.7.1. ○○○○ KB는 2019-2023 사업연도에 대한 정상가격산출방법 사전승인 통지문을 수령하여,

• 2019-2023 사업연도 과세표준을 증액하여 수정신고를 하였고

• ○○○○ KB의 증액된 소득을 고려하여 신청법인과 쟁점 영업권의 평가액을 증액하기로 합의*하고 증액된 영업권 대가 EUR ○○○○○○○○○ 추가 수령함

○ 중부지방국세청은 2025.4.8.부터 2025.8.5.까지 신청법인의 2022~2023사업연도 및 ○○○○ KB의 2021~2023 사업연도에 대한 통합조사를 실시하였는데,

• 쟁점 영업권의 시가 확인을 위해 ㈜AA감정평가법인과 ㈜BB감정평가법인에 영업권 감정평가를 의뢰하여, 두 감정기관의 평가가액 평균액 6,995억 원을 영업권의 시가(이하 ‘쟁점 시가’)로 판단하였고,

• 기신고된 쟁점 영업권의 가액과 쟁점 시가의 차액 ○○○○○○○○○○원*을 ○○○○ KB의 익금에 산입(→ ○○○○ KB에 고지된 법인세액 납부 완료)

○ 신청법인은 쟁점 영업권의 기존 거래가액과 쟁점 시가와의 차액인 ○○○○○○○○○○○○원(이하 ‘쟁점 차액’)을 ○○○○ KB에게 지급하기로 약정하였고, 2025.8.29. 쟁점 차액 지급 완료 차액 지급 완료 금융 증빙자료 제출됨

3. 관련 법령

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 대통령령으로 정하는 주식등: 제18조의4에 따라 익금불산입된 수입배당금액, 인수 시점의 외국자회사의 이익잉여금 등을 고려 하여 대통령령으로 정하는 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① (생략)

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

1의2. ~ 7. (생략)

8. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

③ (생략)

④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. ~ 2. (생략)

3. 제88조제1항제1호 및 제8호나목의 규정에 의한 시가초과액

4. 삭제 <2001.12.31>

⑤ ~ ⑥ (생략)

○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 "감가상각자산"이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

② ~ ⑦ (생략)

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. (생략)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

• 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

(이하 생략)

○ 법인세법 시행규칙 제12조 【감가상각자산의 범위】

① 영 제24조제1항제2호가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 고려하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제26조 【상각범위액의 계산】

① 법 제23조제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물과 무형자산(제3호 및 제6호부터 제9호까지의 자산은 제외한다): 정액법

(2. ~ 9. 생략)

② 제1항 각 호에 따른 상각방법은 다음과 같다.

1. 정액법：당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법

(2. ~ 3. 생략)

③ ~ ⑨ (생략)